Desde WordPress 3.0 este CMS viene con un sistema de administración de menús.
Si deseas habilitar esta opción debes añadir el siguiente código al archivo functions.php:
add_theme_support( 'nav-menus' );
Y luego el siguiente código en cualquier archivo de tu theme donde quieres que aparezca el menú que crees:
<?php wp_nav_meÇnu( array( 'container_class' => 'menu-header', 'theme_location' => 'primary' ) ); ?>